Les fongicides n'ont aucun effet sur nain jaune d'orge et ne doit pas être appliqué pour contrôler la maladie. La graine traitements d'imidaclopride (Gaucho et autres produits) ou de thiaméthoxame (Cruiser) peut réduire les populations de pucerons à l'automne et, par conséquent, réduire les infections primaires.